月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正⚞💥式邀其继任总干事。任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。在“中研院”搬迁安置最困难的⚞💥时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果。
蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一😮次的鼓励同仁“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，🈑♐新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这🈤无疑是🔌有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”📽☮🂲的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量🍡。对此，蔡元培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗👹养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国🜃家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得🐬🂻不🚫🖓💋推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆🚫🖓💋龄领导的保卫中国大同盟和🝮🎝香港国防医药筹赈会，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡元培精神大振，在包括港督罗富国在内的🔘🀺🁷🔘🀺🁷众多来宾面前，即兴发表演讲
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者🌙⛊😫，有了这种精神，便能免🏌于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金🍡戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”
这是他当时写给陆丹林的诗。
“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。
“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”
这🙾是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首七绝。
透过这些字📼里行间溢出的爱国激情，不难看出病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，🍡又思慕那“亘古男儿”的气概。
最能说明这时期蔡元培壮心不已的文字，莫过于他被国际🆁反侵略运动大会中国分会推为第二🍡届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。
这首著名的《满🏭🝕江红》词铿锵有力，铮铮有声
“公理昭彰，战胜强权在今日。概不问🆁🌤，领土大小🔘🀺🁷，军容赢诎。文化同肩维护任，武装合组抵抗术，把野心军阀尽排除，齐努力。我中华，泱泱国，爱和平，御强敌。两年来，博得同情洋溢。独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯歌曲，显成绩!”
蔡元培晚年在香港摈除外务，希求静心养病和写作。他🄅给自己订下的写作计划有写一本“以美育代宗教”的书，编一本美学书，编一本🎙👣比较民族学的书。另外，蔡元培应胡适的多次建议，🚡拟写一部自传。
蔡元培的一生可谓都在为国事奔走，几乎难有充裕的时间静心著述。但他对中西学术🍡长期求索而形成的独立见解积蕴于心，不发不快。此时人入晚境🛬🞐，回首往昔，世事纷扰，他希望在有生之年力求补偿。
这一时期蔡元培在香港经常写作的是《自写年谱》。年谱用白话文写作，文字简洁清丽，对蔡元培的家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年以及其后旅居法国的生活均作了翔实记述。他人生成长的轨迹🞻🙚在其中一目了然，还可从中探知蔡元培思想人格的形成。该年谱自年初即已动笔撰述，在香港只是续笔，但不久蔡元培🚆👋即病卧床榻，不得不辍笔。这时年谱仅写有万余字，是一部未尽之作。??