刘备称汉中王后，刘巴迁为尚书，在尚书令法正死后正式接任尚书令。
刘巴为人清廉简朴，从不治理家资产业，又自认为不是一开始就跟从刘备，害怕受到猜忌嫌疑。
所以为人恭顺安静、沉默寡言，朝堂之下从不和人私底下有交往，非公事不谈。
但刘巴清高的性格依旧张扬不变。
张飞因为爱慕士大夫，曾经专门到刘巴处就宿，刘巴却不理会张飞，使张飞十分恼怒。
诸葛亮知道此事后劝谏刘巴道：“张飞虽实武人，敬慕足下。主公今方收合文武，以定大事；
足下虽天素高亮，宜少降意也。”
面对诸葛亮的劝谏，刘巴却答道：“大丈夫处世，当交四海英雄，如何与兵子共语乎？”
刘备听说这事后，愤怒地说道：
“孤欲定天下，而子初专乱之。其欲还北，假道于此，岂欲成孤事邪？”
但是刘备愤怒虽愤怒，他知道刘巴的性格，所以事后他并没有追究此事。
刘巴虽然性格清高，但他博学多才，见识卓远，令诸葛亮都感到佩服。
刘巴为刘备效力后，为刘备解决入蜀后的财政困难问题，又与诸葛亮等共制蜀汉的法律文件《蜀科》。
当刘巴在尚书台中听到属吏禀报说，汉兴太守糜旸有上书至时，刘巴的眉头不禁一皱。
这糜子晟怎么就不能安分点。
在不久之前，申仪的上书曾先一步到达刘巴手中。
在刘巴收到申仪的上书后，他立即就将这封上书转交给刘备。
刘备看完申仪的上书后便叹息着说道：“申仪反矣”。
后来糜旸与魏延的上书接踵而至，证明了刘备的判断。
可是当成都中的大臣，陆续得知汉兴郡中的动乱之后，部分人认为申仪情有可原。
甚至有一部分早就看不惯糜旸的蜀中士人，在成都中对糜旸进行非议。
他们认为申仪之所以会反叛，乃是因为糜旸嚣张跋扈，擅自擒拿列侯申耽所致。
糜旸是汉兴太守，出兵讨伐申仪还说的过去。
但他在未得到刘备的命令之下，就擒拿身为列侯的申耽。
从某些方面上，这有些逾矩了。